Nowy cmentarz żydowski – kirkut – znajduje się przy ul. Marcinkowskiego. Powstał w 1886 roku. Został zbudowany tuż obok cmentarza ewangelickiego. Cmentarz zajął łączną powierzchnię 20 400 metrów kwadratowych. Przy wejściu wzniesiono budynki, mieszczące dom przedpogrzebowy, wozownię i mieszkania grabarza. Pierwszy pogrzeb miał miejsce w dniu 26 grudnia 1886 r., pochowano wtedy rabina Michaela Karingera. Cmentarz został zniszczony w czasie okupacji hitlerowskiej. Po wyzwoleniu teren został przeznaczony na cmentarz komunalny. Zachował się dom grabarza, fragment osadzonego pomiędzy ceglanymi filarami metalowego ogrodzenia oraz nieliczne, rozbite nagrobki.

W październiku 2010 r. podczas prac remontowych na Skwerze Obrońców Inowrocławia, robotnicy odkopali liczne fragmenty macew, pochodzących z miejscowych cmentarzy żydowskich. W 2012 r. cmentarzu przy ul. Marcinkowskiego powstało lapidarium. Około 40 fragmentów macew zostało przytwierdzonych do muru, inne ułożono poziomo po jego bokach. Na pomniku umieszczono tablicę z napisem: "Żydzi mieszkali w Inowrocławiu od XIV w., z czasem wywierając znaczny wpływ na życie miasta, współtworząc jego historię i wzbogacając kulturę.”

Z inicjatywy powiatu Zakład Karny w Inowrocławiu włączył się w prace na rzecz odbudowy nowego cmentarza żydowskiego. - Wychowawcy Zakładu Karnego wytypowali trzech skazanych, którzy w ramach prac społecznie użytecznych, pomogli przy układaniu fragmentów nagrobków żydowskich na terenie lapidarium. Współpraca z muzeum nie kończy się jednak wyłącznie na tym. Już niebawem w jednej z sal Muzeum im. Jana Kasprowicza zobaczyć będzie można wystawę "Damy Wyklęte”, jaką organizuje Zakład Karny wspólnie z Muzeum oraz Instytutem Pamięci Narodowej Delegaturą w Bydgoszczy - mówi por. Krzysztof Spała.