Ks. Zenon Rutkowski urodził się 23 grudnia 1946 roku w Gniewkowie, gdzie ukończył Szkołę Podstawową, a następnie III Liceum Ogólnokształcące im. Samuela Bogumiła Lindego w Toruniu. Lata 1964-1970 to czas studiów w Prymasowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Gnieźnie z przerwą na odbycie służby wojskowej w Brzegu nad Odrą (1965-1967). Święceń kapłańskich udzielił 29 listopada 1970 r. bp Jan Czerniak w katedrze gnieźnieńskiej.
Posługę wikariuszowską ks. Zenon odbywał w parafiach: Świętego Michała Archanioła w Dębowie koło Nakła, NMP Królowej Polski w Żninie, Wniebowzięcia NMP w Wągrowcu i Ścięcia Świętego Jana Chrzciciela w Pleszewie. 25 marca 1983 r. kard. Józef Glemp Prymas Polski podpisał dekret tworzący nową parafię pw. Błogosławionej Królowej Jadwigi w Inowrocławiu powierzając ją 36-letniemu księdzu Zenonowi, wówczas najmłodszemu proboszczowi w archidiecezji gnieźnieńskiej, który podjął dzieło budowy najpierw kaplicy, domu parafialnego, a następnie monumentalnego kościoła, konsekrowanego 21 czerwca 2003 r.
Przez 20 lat posługi proboszczowskiej ks. Rutkowski był kapelanem Klubu Inteligencji Katolickiej, gdzie powstała profesjonalna Biblioteka Katolicka, zaś od 1986 roku zaczęła pielgrzymować grupa rąbińska Pieszej Pielgrzymki Promienistej na Jasną Górę.
W 1993 r. ks. Zenon Rutkowski został kapelanem inowrocławskich strażaków, a wkrótce kapelanem strażaków województwa bydgoskiego, po zmianach administracyjnych – województwa kujawsko-pomorskiego. Był także honorowym kapelanem policjantów. Równolegle od 1997 r. do 2010 r. był kapelanem inowrocławskiego szpitala. W tym czasie z jego inicjatywy powstało hospicjum im. Świętej Królowej Jadwigi, a następnie szpitalny oddział opieki paliatywnej. W 2018 roku został uhonorowany nagrodą Rady Instytutu Prymasa Józefa Glempa "Ku chwale".
Zmarł 24 grudnia 2022 roku w Inowrocławiu, a spoczął na cmentarzu parafialnym w rodzinnym Gniewkowie.